华北水利水电大学自1965年开始招收培养研究生，2024年成立华北水利水电大学卓越工程师学院。

卓越工程师学院负责全校卓越工程师教育和学科建设工作，服务国家重大战略需求，面向水利行业急需关键核心领域和技术前沿，以培养硕博层次卓越工程师为目标，以服务面向行业龙头企业对未来工程人才要求为培养标准，培养具有坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识，具备全球战略视野、突出工程技术创新能力、动态适应能力，善于解决复杂工程技术问题和“卡脖子”问题的高素质、高层次、交叉复合型卓越工程师人才。

卓越工程师学院下设综合办公室、对外联络与合作办公室、教学办公室、招生与学位质量办公室4个科室。卓越工程师学院院长由学校分管研究生的副校长兼任，同时兼任学校工科专业学位评定分委员会主席。

学校1981年获得国家首批硕士学位授予权，是河南省硕士学位授予类型较为齐全的高等院校，2009年成为博士学位授予立项建设单位，2014年开始招收培养博士研究生。是国务院学位委员会授权的、河南省唯一具有单独命题考试资格招收优秀在职人员攻读硕士学位（双证齐全）的地方院校；河南省具有"少数民族高层次骨干人才计划"招收攻读硕士研究生资格的院校；具有推荐应届本科毕业生攻读硕士研究生和接收免试推荐硕士研究生资格。

学校目前共有水利工程、地质资源与地质工程、管理科学与工程、数学4个博士学位一级学科点；有水利工程、地质资源与地质工程、机械工程、动力工程及工程热物理、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、农业工程、数学、管理科学与工程、工商管理、软件工程、应用经济学、地理学、电气工程、环境科学与工程、马克思主义理论、美术学、建筑学、公共管理20个硕士学位一级学科点；有工程力学1个硕士学位二级学科点；有土木水利、资源与环境、能源动力、机械、电子信息、交通运输、工商管理、工程管理、公共管理、汉语国际教育、法律、农业、翻译、会计、应用统计、国际商务和资产评估17个硕士专业学位领域。13个一级学科省级重点学科，1个二级学科省级重点学科。学校现有在学博士、硕士研究生4000余人。