信息工程系是1999年6月由原基础部的数学教研室，物理教研室，物理实验室，制图教研室，动力工程系的计算机教研室，学院教务处管理的计算中心、电教中心、科研处管理的网络中心组建而成。当时本系仅有一个专业——计算机科学与技术，该专业已有18个年的发展历史，累计培养本、专科毕业生 920余人，为我国IT行业和水利水电行业输送了大批人才。经过3年的发展，逐步形成了由数学、物理、制图、计算机文化基础的基础课教学单位和计算机科学与技术、信息与计算科学、电子信息工程和数学与应用数学四个专业以及计算机应用、应用数学两个硕士点组成的综合性理工科系。2002年11月电教中心、网络中心从本系分离出去成立现代教育技术中心。2004年3月, 根据学校长远发展规划和学科建设的需要，由数学、物理、制图等教研室以及信息与计算科学、数学与应用数学两个本科专业从信息工程系分离出去成立数学与信息科学系。三年后撤系建院，信息工程系更名为信息工程学院。2018年7月，根据学科专业建设需要，学校对部分院系进行优化组合，将信息工程学院部分专业与软件学院合并为新信息工程学。至此学院拥有三个本科专业，两个省一级重点学科。