学院设有水力学基础实验室和水利实验中心，其中水力学实验室为专业基础教学实验室，承担全校23个专业的水力学及流体力学实验教学任务；水利实验中心为学院的专业科研实验实训中心，下设有水工结构实验室、农业高效用水实验室、水利水运及治河实验室、水文水资源实验室和工程管理实验室等5个专业实验室。

水工结构实验室于1996年获批为水利部重点实验室；2009年，水利实验中心获批河南省实验教学示范中心；2012年，农业高效用水实验室获批为河南省节水农业重点实验室（与中国农业科学院农田灌溉研究所共建），同年，该实验室获批为河南省农业节水工程技术研究中心；2010年，水利水运及治河实验室被评为河南省重点学科开放实验室；另外水利实验中心分别获批为郑州市水沙灾害防治重点实验室、郑州市水利工程安全重点实验室和水工结构震动与安全重点实验室。

目前，学院下设的实验室拥有动三轴试验台、水下机器人、探地雷达、X光衍射仪、DASP激振测试系统、DIV流场测试系统SmartChem140全自动离子分析仪、离心泵综合试验台、QYZS-201 称重式土壤蒸渗仪、FSO2-4gauge光纤式氧气测试仪、BaPS土壤碳氮循环监测系统等价值5000万元的国内领先的实验仪器与设备，另拥有MIKE、HYRUS-3D、FEFLOW等一批先进的数值模拟软件系统，可满足水工、水文、农水、港航、工程管理等各个学科和专业领域的教学与科研需求，并已成为河南省乃至中原地区水利工程领域重要的人才培养实训基地和科学研究引领基地。