水利实验中心是水利学院的专业性教学科研实验室，包括农业高效用水实验室、水利水电工程实验室、水利水运及治河实验室和工程管理实验室等4个专业实验室。水利实验中心是华北水利水电大学的校级重点实验室，拥有河南省节水农业重点实验室、河南省水利环境模拟与治理重点实验室、河南省农业节水工程技术研究中心、河南省水灾害管理工程技术中心、河南省水工结构安全工程技术研究中心以及河南省水利水运工程技术研究中心等6个省级科研平台以及郑州市水沙灾害防治重点实验室、郑州市水工结构震动与安全重点实验室、河流环境与河流工程模拟、河南省教育厅重点学科开放实验室等4个市厅级科研平台。

本中心主要服务于农业水利工程、水利水电工程、港口航道与海岸工程、工程管理、工程造价等专业本科生和研究生的教学实验任务，同时兼顾5个专业的基础研究、应用研究、节水新产品开发以及成果转化和技术推广等工作，是一个集产、学、研于一体的高标准开放型实验中心。

目前，学院下设的实验室拥有动三轴试验台、水下机器人、探地雷达、X光衍射仪、DASP激振测试系统、DIV流场测试系统、SmartChem140全自动离子分析仪、离心泵综合试验台、气相色谱仪、流动分析仪、四通道氧气测量仪、农业无人机光谱成像系统、智能控制温室设备与系统等价值6000万元的国内领先的实验仪器与设备，另拥有MIKE、HYRUS-3D、FEFLOW等一批先进的数值模拟软件系统，可满足水工、水文、农水、港航、工程管理等各个学科和专业领域的教学与科研需求，并已成为河南省乃至中原地区水利工程领域重要的人才培养实训基地和科学研究引领基地。