1989年，在邯郸校址的土木工程系只有工业与民用建筑1个专业，后将当时在水利系水力学教研室任教的王季震讲师调入土木系，负责筹建给水排水工程专业，经过多方调研成立了给水排水工程教研室，王季震同志任教研室主任。同年经水利部批准，招收二年制专科生40名。

1990年，招收二年制专科生31名，89级和90级两届学生相继于1991年7月和1992年7月在河北邯郸毕业。

1991年至1992年期间，学校基本完成迁郑工作，给排水教研室于1991年随土木系迁来郑州，并于当年在郑州招收三年制专科生33人，1992年招收三年制专科生25人，生源来自河南等十个省、市。

1992年9月，学校将化学教研室和化学实验室划归给排水教研室。1992年11月，给排水教研室与北京清华人工环境工程公司达成协议，在郑州开办郑州清华人工环境工程公司。

1993年5月，召开成立环境工程系筹备会，并成立由王季震和冯田华同志2人组成的筹备组，王季震为筹备组负责人。1993年5月26日，学校党委决定成立环境工程系，并向水利部上报了《华北水利水电学院关于成立“环境工程系”的报告》[（1993）院发第83号]，7月6日，院发（1993）院人字第92号文关于成立环境工程系的通知下发，将土木系给排水、化学教研室和郑州清华人工环境工程公司成建制划归环境工程系。

1993年9月11日，环工系第一届本科生给水排水工程专业的93级2个班共62名学生入校，生源来自全国10多个省、市。12月8日，水利部人劳司下发“关于华北水利水电学院成立环境工程系的批复”（水利部司局文件人劳[1993]53号）批准成立环境工程系。

1994年1月6日，院党组干（1994）第1号文，任命冯田华为环境工程系党总支副书记，院党组干（1994）第2号文，任命王季震为环境工程系代理主任，任命王四海为环境工程系副主任，任命冯田华为环境工程系副主任（兼），7月14日，院党组干（1994）第14号文，任命王季震同志为环境工程系主任，至此，环境工程系筹建工作全面完成。

1994年9月，环工系与河南省经济发展战略研究院联合为河南省大中企业招收培养实用人才共353人，涉及给排水、暖通、计算机应用和财务经济管理4个专业，该批学生于1996年7月毕业。

1994年9月，申报新增供热、通风与空调工程专业，得到水利部批准，并招收三年制大专生25人。

1995年，经水利部批准环境工程系新增成人脱产班指标200人，涉及给排水、暖通等专业，实际招生186人，该批学生于1997年毕业离校。

1996年9月，环境工程系招收给水排水工程专业本科生2个班51人，供热通风与空调工程专科生1个班24人。

1997年9月，环境工程系招收给水排水工程专业本科生2个班46人，供热通风与空调工程专科生1个班26人。

1998年9月，环境工程系招收给水排水工程专业本科生3个班94人。

1999年9月，环境工程系招收给水排水工程专业本科生3个班97人，供热通风与空调工程专科生1个班30人。

2000年2月，经过连续4年的努力申报，已经开办了7年的三年制专科暖通专业，终于获得水利部批准升为本科。当年9月份环境工程系共招生434人，其中给水排水工程专业本科生7个班227人，建筑环境与设备工程专业本科生6个班207人。

2001年9月，环境工程系新增环境工程本科专业，当年招收给水排水工程专业本科生5个班150人，建筑环境与设备工程专业本科生4个班130人，环境工程专业本科生3个班90人。

2003年9月，环境工程系新增消防工程本科专业。

2006年2月，环境工程系更名为环境与市政工程学院。

2009年9月，环境工程学院新增应用化学本科专业。至此，学院形成了给水排水工程、建筑环境与设备工程、环境工程、消防工程、应用化学5个本科专业。

2017年8月，学院整体由花园校区搬迁至龙子湖校区。

2018年3月，环境科学与工程获批一级硕士学位授权点。

2020年2月，给排水科学与工程专业获批国一流专业建设点。

2020年6月，环境工程专业正式通过中国工程教育认证。

2020年8月，环境工程和应用化学专业获批河南省一流专业建设点。

2020年11月，给排水科学与工程专业正式通过住房和城乡建设部高等教育专业认证。

2021年2月，给排水科学与工程专业获批2020年度国家级一流本科专业建设点。

2022年6月，环境工程专业获批2021年度国家级一流本科专业建设点。

2022年6月，应用化学专业获批2021年度国家级一流本科专业建设点。

2022年6月，建筑环境与能源应用工程专业获批2021年度河南省一流本科专业建设点。

2023年6月，给排水科学与工程专业第2次通过住房和城乡建设部高等教育专业评估（认证）。