黄河研究院成立于2024年2月，与黄河流域水资源高效利用省部共建协同创新中心合署办公。

黄河研究院现有教职工22名。其中，教授14人，副教授2人，拥有瑞士工程科学院院士、欧洲科学院外籍院士、国家杰出青年获得者、长江学者特聘教授等国家级人才称号20余人次。牵头建设水资源演变与智能调控高等学校学科创新引智基地（“111基地”）和黄河流域水资源高效利用省部共建协同创新中心2个国家级科研平台，以及河南省水圈与流域水安全重点实验室、河南省流域生态保护与修复工程研究中心、河南省水利水电国际联合实验室、河南省“水-能-粮-碳”协同治理杰出外籍科学家工作室等4个省部级科研平台，共建水利部黄河下游滩区生态水文演变野外科学观测研究站、河南省黄河流域水资源节约集约利用重点实验室、黄河流域生态系统保护修复国家林业和草原局重点实验室等3个省部级科研平台，为开展各类复杂性、综合性的科学实验与教学研究提供了重要支撑和保障。

近年来，研究院主持完成了国家重点研发计划项目、国家自然科学基金国际（地区）合作与交流重点项目、黄河联合基金重点项目等国家级、省部级科研项目80余项。获得大禹水利科学技术一等奖等省部级及以上科技奖励20余项；在Science、Nature子刊、《科学通报》等顶刊发表高质量学术论文300余篇，出版学术专著20余部。